|
A méréstechnikai minőség az újgenerációs szekvenciaadatokban
A leolvasási mélység egyetlen nukleotidra értelmezhető mérőszám: adott bázis elemi leolvasásának számát jelöli, azaz hány, a referenciára illesztett read tartalmazta az adott pozíciót.
Az exom szinten a leolvasási mélység az egyes genomi régiókban jelentősen változhat, mivel a kódoló régiók elkülönítését célzó előkészítő munkálatok során egyes exonokat nagyobb hatékonysággal lehet próbákkal elkapni és később, a szekvenálás során leolvasni, mint másokat.
A lefedettség azt fejezi ki, hogy a mérés során minimálisan hányszor kerül leolvasásra a teljes célrégió (azaz a WES esetében az exoni régiók összessége), illetve ez a teljes exom mekkora részére teljesül (pl. az exom 95%-át legalább 20x lefedettséggel olvastuk le).
A bázishívás pontosságát a Sanger-féle kapillárisszekvenálásban meghonosított mérőszámból eredeztethető “Phred-like” minőségi pontszámmal adhatjuk meg. A Phred-score adott nukleotid azonosítási hibának logaritmikus valószínűségét jelenti. A 10-es Phred pontszám 1:10-hez eséllyel megfigyelhető hibát jelent a nukleotid meghatározásnál. A Phred 20-as pontszám 1:100-hoz esélyt rendel a technikai hibához, azaz a pozíció helyes nukleotid-hozzárendelésének 99% -os a valószínűsége. |
|