VIII./1. fejezet: A teljes exom szekvenálás

Az emberi exom az összes kódoló nukleáris DNS-szekvenciát magába foglaló fogalma körülbelül 180.000 exont, összességében mintegy 30 megabázisnyi, érett RNS-re, majd fehérjére is lefordítódó szekvenciaadatot jelenti. A mitochondriális DNS-ben található kódoló szakaszokat nem soroljuk az exom fogalmához, bár a vizsgálat során ezt a DNS-t is látjuk. Az exom az exonok összességét jelenti, az emberi genomnak csak mintegy 2% -át teszi ki. Az exonokban található meg a jelenleg ismert betegség-okozó variánsok többsége.

Az exom szekvenálás célja a genomban lévő összes fehérjét kódoló nukleáris gén szekvenciájának leolvasása és elemzése. Az összes exoni szekvencia körülbelül 95% -a határozható meg a jelenleg rendelkezésre álló technikákkal. A klinikai célú exom szekvenálás segítségével megoldott esetek aránya (diagnostic success rate) mintegy 30%-ra tehető, az öröklődőnek imponáló, de a genetikai kórok feltárására irányuló célzott vizsgálatokkal sikertelenül diagnosztizált egyének szisztematikus vizsgálata alapján. A diagnosztikai siker arány további javulására lehet számítani a közeljövőben, a talán legfontosabb (befolyásolható) korlátot ugyanis jelenleg az egyes ritka variánsok esetében feltárt genotípus-fenotípus összefüggések, a variánshoz rendelhető klinikai jelentőség alacsony felderítettsége és megosztása jelentik.

Az NGS méréstechnika utóbbi években elért megbízhatósága és a mérés alacsonyabb költsége ma már megfelel az indokolt esetekben történő felhasználás, illetve az orvosi gyakorlat magas igényeinek. Az elmúlt néhány évben az exom szekvenálás egyre inkább elérhetővé vált a klinikai alkalmazás számára. A feladathoz erősen párhuzamosított (massively parallel sequencing) megközelítést alkalmazó újgenerációs szekvenálás fejlődő méréstechnikai és adatelemzési eszköztárának köszönhetően nemcsak a költségek csökkenése, hanem a vizsgálatok átfutási idejének elfogadható mértékre rövidülése is bekövetkezett. Továbbá a klinikailag is hasznosítható eredményekről szóló közlemények megjelenése is hozzájárultak ahhoz, hogy a jobb biztosítási fedezetet kapjon.