VIII./8. fejezet: A teljes exom szekvenálási vizsgálatok korlátai

Vizsgáljuk meg, melyek azok az örökletes betegsége hátterében elképzelhető eltérések, amelyeket a WES nem képes azonosítani. Egyesek a szekvenálás természetéből fakadnak, mások arra vezethetőek vissza, hogy az exom szekvenáláshoz a kódoló genomi régiók feldúsítása szükséges.

Az a genetikai változás, amelyeket a klinikai célú exom szekvenálással nem lehet megbízhatóan kimutatni, esetében igaz lehet, hogy:

• - Zavarja a célrégióhoz kapcsolódó próba kötődését; így az exon nem kerül leolvasásra, és így elemzésre sem kerül;

• - Befolyásolja a gén expresszióját a DNS-szekvencia megváltoztatása nélkül (pl. imprinting hibák, uniparentalis heterodiszómia);

• - A genom alacsony komplexitású repetitív régiójában helyezkedik el, amelyeket nehéz leolvasni (nukleotid repeat expanziók)

• - A géncsalád más tagjaival vagy pszeudogénekkel magas fokú homológiát mutató génekben, vagy

mélyen az intronokban (nem kódoló régióban); esetleg

• Szomatikus genetikai mozaicizmus esetén;

• - Nagy kiterjedésű kópiaszám-változatok (pl. > 50 bp indel-ek). Bár a kópiaszám változatai a klinikai exome szekvenálásban azonosíthatók a tényleges olvasási mélység és a várható olvasási mélység összehasonlításával az intra- és inter-minta összehasonlításokon keresztül, a leolvasási mélység variabilitása azonban (pl. egy régió GC-tartalma miatt) hamis pozitív eredményhez vezethet.

• A szerkezeti kromoszóma átrendeződések (pl. inverzió, transzlokáció) jó része.

Azon rendellenességek típusai, amelyeket az exom szekvenálás korlátaiból adódóan nem képes megbízhatóan azonosítani:

• - Imprinting hibái

• - Uniparentális heterodisomia rekombináció nélkül, és amikor csak proband szekvenálása történik meg.

• - Repeat expanziók

• - Magas homológiát mutató géncsaládok és pszeudogének elkülönítése

• - Genetikai rendellenességek, amelyek nem ismerhetők fel a klinikai exome szekvenálás elemzése során a szokatlan öröklési mintázat miatt:

  • - Inkomplett penetrancia vagy változó életkorban induló betegség (pl. Tünetmentes szülőben jelenlévő variáns)

  • - Korábban nem közölt öröklési mintázattal járó rendellenességek (pl. autoszomális domináns öröklődés a korábban autoszomális recesszívként ismert betegségben)

• - Azok a rendellenességek, amelyeknél az érintett gént és / vagy patogén variánst nem közölték még:

  • - A mendeli betegségek hátterében több ismeretlen, még fel nem fedezett gén lehet.

  • - Az erős funkcionális következménnyel járó variánsok által okozott rendellenességek, amelyekkel összefüggésben a szakirodalomban vagy a adatbázisokban nem ismertek leírások.

  • Nem-genetikai rendellenességek:

• Környezeti hatásra visszavezethető állapotok (pl. magzati alkoholszindróma)

• Azon állapotok, amelyek esetében nem ismert a genetikai háttér jelentősége sem.