VIII./9. fejezet: A klinikai célú genomszekvenálás

Az emberi genom magában foglalja az összes kódoló és nem kódoló nukleáris és mitokondriális DNS szekvenciát. A nukleáris DNS az emberben több mint 20 000 gént kódol; a mitokondriális DNS 37 gént. Az emberi genomot felépítő több mint 3,2 millió bázispár jelentős része repetitív vagy nem kódoló szekvencia - beleértve a nem kódoló RNS-eket is, illetve azon variánsokat, amelyekben meghatározott öröklődő rendellenességekhez köthetőek.

A klinikai célú genomszekvenálás kódoló mellett nem kódoló nukleáris DNS szekvenciájának elemzésére is szolgál. A mitokondriális DNS is a genom része; a gyakorlatban azonban a mitokondriális szekvenciák vizsgálata jellemzően külön eljárás segítségével történik.

A klinikai genom szekvenálásának költsége továbbra is jelentősen magasabb, mint az exom-szekvenálásé, jóllehet a vizsgálattól várható diagnosztikai haszon (20% -30%) hasonló mértékű. Jóllehet a genomszekvenálás a kódoló régiókon kívüli variánsokat is képes azonosítani, ezek kóroki jelentőségének felmérése gyakran egyáltalán nem lehetséges; a legtöbb szekvenálással azonosítható kóros genetikai eltérés egyelőre úgy tűnik, hogy főként az exonokban található.

Felmerül a kérdés, milyen előnyökkel járhat (a jövőben) a WGS klinikai alkalmazása? A WES és a WGS összehasonlításában, korlátlan erőforrásokat és idő feltételezve, természetesen a WGS kerülne ki egyértelmű győztesként, hiszen a genom töredékét kitevő kódoló régiók mellett a fennmaradó részek genetikai variánsairól is képet kaphatunk, valamint a szelektálás elmaradása miatt a CNV-k sokkal nagyobb analitikai megbízhatósággal detektálhatók. Ugyanakkor jelenleg a WES még mindig sokkal alacsonyabb költségekkel jár, jóllehet a genom particionálásának, azaz az exoni szakaszok elválasztása költsége is tekintélyes részt képvisel, ami lehetővé teszi a kutatók számára, hogy növeljék az egyidőben vizsgált minták számát, ami fontos tényező a nagy populációs tanulmányokhoz.